《SHY 腼腆英雄第二季 东京夺还篇》故事描述 东京夺回篇，开战。 经过与神秘的少年·斯蒂格玛率领的“阿玛拉利尔克”的战斗稍微成长了的沙伊。 回到日本的她遇到了从忍者村落离家出走的少女天王寺暧昧。 她告诉夏伊，她追着“阿玛拉利尔克”的一员走出了村子。 在这种情况下，东京突然发生了被黑球包围而消失的事件。英雄们为了救出东京而出动。